Lídia Pereira tem apresentado várias perguntas à Comissão Europeia sobre fiscalidade. Desde as negociações para a cooperação com África, Caraíbas e Pacífico na área dos impostos à potencial utilização indevida de um benefício fiscal português, passando pela estratégia da EDP para não pagar impostos sobre a venda das barragens à Engie, a eurodeputada social-democrata tem questionado o executivo comunitário numa área em que a União tem vindo a ganhar cada vez mais relevância.