José Manuel Fernandes considera que "esta missão é um grande desafio, dado o actual momento de tensão que a União Europeia vive, em que as instituições europeias se estão a adaptar à entrada em vigor do Tratado de Lisboa e, em simultâneo, a procurar, neste novo quadro institucional, soluções que respondam à crise financeira, económica e social”.
Também membro efectivo da Comissão Especial que vai definir os fundos comunitários pós-2013 e relator permanente do PPE para todas a matérias relacionadas com as alterações climáticas no âmbito da Comissão dos Orçamentos do PE, José Manuel Fernandes bateu-se de forma particular pela aplicação do Orçamento Base Zero nas instituições europeias
Em nome da maior eficiência e consequente poupança de recursos, o Eurodeputado do PSD considera que “para um orçamento sustentável e rigoroso é importante que cada despesa seja justificada e obedeça aos critérios definidos por políticas e objectivos prioritários através de um ‘orçamento base zero’, em detrimento de um modelo de orçamento puramente incremental”.
Para a concretização dos “conceitos de sustentabilidade, transparência, rigor e eficiência”, o eurodeputado defende ainda a “definição de uma política imobiliária de longo prazo” para as instituições europeias, a par da acção prioritária ao nível da eficiência energética.
Embora tendo sempre como objectivo prioritário “a excelência” no exercício das competências do Parlamento e das restantes instituições, José Manuel Fernandes salienta ainda a importância do conhecimento pleno do valor das despesas fixas, de forma a proceder a uma análise de custos-benefícios das várias políticas implementadas.